近日,中国农业科学院烟草研究所烟草种质资源与生物育种创新团队在多组学联合分析软件开发中取得新进展,相关研究成果发表在《植物通讯(Plant Communications)》(Top 5%, IF=9.4)。
在组学技术爆发式增长的今天,多组学数据关联分析在功能基因组学、分子机理解析研究中扮演着越来越重要的角色。然而多组学关联分析的技术复杂度也随着学科发展不断提高,科研人员尤其是从事湿实验工作的科研工作者正面临前所未有的数据分析挑战。为降低多组学数据关联分析涉及的软件安装、数据清洗、质控、格式转换、参数调整等技术门槛,团队开发了EasyOmics一站式分析软件,凭借其"零代码可视化分析"的核心优势,为湿实验室生物学家带来便携的解决方案。
作为首个整合多组学关联分析的桌面级应用,EasyOmics将传统需要数月学习的命令行操作转化为直观的图形界面。软件内嵌智能参数推荐系统,即使缺乏统计学背景的用户,也能通过引导式操作完成复杂分析。软件搭载八大核心模块,包含数据质控、遗传力评估到GWAS分析、组学数据关联分析、孟德尔随机化、数据展示等工具,完整覆盖组学研究全流程。研究者仅需点击鼠标即可完成转录组与蛋白质组等数据的关联分析,系统自动生成可直接投稿的矢量图。该平台采用Docker容器化技术,支持Windows、macOS和Linux系统秒级部署。用户无需配置复杂环境,通过预装镜像即可实现"下载即用",较传统方法节省大量的时间。目前非商业用户可通过Docker Hub免费获取,软件安装及使用说明书 如下:https://hanyu-me.github.io/EasyOmics_tutorial/。
烟草所为本论文第一完成单位,烟草所与四川大学联合培养硕士研究生韩雨与烟草所硕士研究生杜巧为论文共同第一作者,烟草所昝艳君研究员、兰州大学刘建全教授为论文共同通讯作者。本研究得到国自然青年基金、国家重点研发计划青年科学家项目、山东省泰山学者人才工程、山东省海外优秀青年科学基金、中国农业科学院科技创新工程等项目的资助。
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https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2590346225000550